近年來，敦煌種業(yè)上下重視，采取強力措施全面加強了種子質(zhì)量管理工作，制種質(zhì)量得到有效提高。根據(jù)農(nóng)業(yè)部及甘肅省、酒泉市種子管理部門2005、2006連續(xù)兩年玉米種子質(zhì)量重點抽檢結(jié)果，敦煌種業(yè)均達到國標要求，敦煌種業(yè)贏得了質(zhì)量形象，也為今后全面提升質(zhì)量管理積累了經(jīng)驗，營造了潛力。
      敦煌種業(yè)是國內(nèi)最早從事玉米、瓜菜制種的單位，種子產(chǎn)品質(zhì)量一直在國內(nèi)有較高聲譽，所生產(chǎn)的種子粒籽飽滿度、純度高、發(fā)芽勢強、質(zhì)量優(yōu)良，深受國內(nèi)外客戶的歡迎。前兩年由于酒泉境內(nèi)玉米制種面積擴大，制種隔離區(qū)調(diào)整難度加大，制種企業(yè)對制種面積迅速增加的應(yīng)對措施準備不足，部分單位品種基地安排不適當，一度出現(xiàn)了質(zhì)量問題，引起了敦煌種業(yè)上下的全面重視，董事長、總經(jīng)理多次召開會議安排部署整改工作，調(diào)整了種子質(zhì)量管理領(lǐng)導(dǎo)力量，確定一名副總經(jīng)理主抓質(zhì)量工作；相關(guān)業(yè)務(wù)部門針對質(zhì)量管理的薄弱環(huán)節(jié)，完善了公司質(zhì)量手冊，制訂了抓好質(zhì)量管理，嚴格質(zhì)量措施的方略措施，配備技術(shù)過硬、認真負責、協(xié)調(diào)能力強的技術(shù)人員現(xiàn)場指導(dǎo)，要求品種純度達到98%以上，凈度99%以上，芽率96 %以上，水份13%以下；為了整體提升敦煌種業(yè)質(zhì)量形象，全面杜絕質(zhì)量不合格事件發(fā)生，按照主要領(lǐng)導(dǎo)的安排，公司制定了《敦煌種業(yè)制種技人員制種技術(shù)指導(dǎo)管理責任書》，明確了技術(shù)人員的責任和義務(wù)，將質(zhì)量達標和提升做為技術(shù)人員主要考核指標，嚴格獎罰制度，提高了技術(shù)人員加強管理和深化技術(shù)指導(dǎo)，強化各環(huán)節(jié)質(zhì)量監(jiān)控的力度。各種子分公司成立質(zhì)量工作領(lǐng)導(dǎo)小組，加強與技術(shù)人員、村組干部的配合，全面加大各環(huán)節(jié)的質(zhì)量控制措施的落實，并由質(zhì)量檢驗人員及公司領(lǐng)導(dǎo)組成質(zhì)量巡查隊伍，進行全面質(zhì)量巡查，發(fā)現(xiàn)問題及時解決，杜塞漏洞，把質(zhì)量隱患消滅在萌芽狀態(tài)。種業(yè)種子質(zhì)量控制中心配合主管副總在雜交受粉的關(guān)鍵時期，加強與分公司聯(lián)系與溝通，對分公司制種基地逐一進行抽查巡檢，做到心中有數(shù)，指導(dǎo)到位，措施得力，使質(zhì)量隱患得到徹底解決。
      經(jīng)過公司上下不懈努力，國家連續(xù)兩年抽檢全部達標，省市抽檢質(zhì)量優(yōu)良。其中2005年國家監(jiān)管部門抽取的兩份樣品，吉單261純度97.8%,凈度100%,芽率99%,水份12.2%;新單23純度97.9%,凈度100%，芽率 97%，水份12%；甘肅省和酒泉市抽檢7份樣品，全面達到國家一級標準。
      根據(jù)農(nóng)業(yè)部辦公廳農(nóng)辦發(fā)[2007]40號《農(nóng)業(yè)部辦公室廳關(guān)于2006年種子質(zhì)量監(jiān)督抽查情況的通報》，敦煌種業(yè)2006年被國家抽取的兩份樣品，吉單261純度97.3%，凈度99.9%，芽率98%，水份11.3%；陜單8806純度98.9%，凈度99.9%，芽率96%，水份10.8%。